微信小程序在擁有眾多優(yōu)點(diǎn)的同時(shí)，小程序也具有一定程度的缺點(diǎn)限制。 

（一）小程序沒(méi)有應(yīng)用市場(chǎng)，只能靠用戶主動(dòng)搜索沒(méi)有應(yīng)用市場(chǎng)，只能靠用戶主動(dòng)搜索，這就意味著小程序制作者無(wú)法像傳統(tǒng)APP一樣推廣自己的小程序，用戶也無(wú)法像瀏覽應(yīng)用商店一樣獲得并體驗(yàn)自己感興趣的小程序，只能通過(guò)他人共享或者自己主動(dòng)搜索的方式獲得。這一缺點(diǎn)亦成為很多開(kāi)發(fā)者進(jìn)入小程序開(kāi)發(fā)前最大的猶豫點(diǎn)，即小程序不能像APP一樣帶來(lái)較大的裝機(jī)量和流量，反而帶有較大的不確定性。 

（二）用戶體驗(yàn)不佳，用戶本身也處在對(duì)小程序使用的學(xué)習(xí)過(guò)程中對(duì)于開(kāi)發(fā)者而言，小程序?yàn)槠湓黾恿艘粋€(gè)需要維護(hù)的平臺(tái)，但目前由于用戶活躍度不高，為實(shí)現(xiàn)導(dǎo)流的目的，致使一些開(kāi)發(fā)者選擇放棄。此外，小程序由于上線不久，自身在開(kāi)發(fā)過(guò)程中也存在一定的漏洞，正處于不斷修復(fù)與完善中。小程序的缺陷導(dǎo)致用戶體驗(yàn)不佳，用戶本身也處在對(duì)于小程序使用的學(xué)習(xí)過(guò)程中。根據(jù)艾媒咨詢，小程序發(fā)布一個(gè)月后，應(yīng)用開(kāi)發(fā)者關(guān)注度提高到94.9%，但繼續(xù)開(kāi)發(fā)小程序的僅占9.2%，35.2%的開(kāi)發(fā)者對(duì)小程序失望、打算放棄，33.9%的開(kāi)發(fā)者短期不考慮開(kāi)發(fā)小程序。 

（三）用戶黏性較低在小程序的查找上，由于小程序無(wú)法停留在用戶桌面，亦沒(méi)有類似于APPStore的商城，用戶需要在歷史列表中尋找小程序，搜索體驗(yàn)較差。而在使用上，小程序原本旨在保留APP的核心功能和最大限度保證用戶體驗(yàn)的前提下部分取代占用手機(jī)大量?jī)?nèi)存的APP。問(wèn)題在于，小程序的“小”，意味著它只能截取APP的某一高頻場(chǎng)景功能而無(wú)法實(shí)現(xiàn)復(fù)雜的交互功能。同時(shí)，在需要兼顧微信聊天和使用小程序的場(chǎng)景下，二者之間的切換十分麻煩。 

（四）形成騰訊微信的“超級(jí)壟斷”目前，微信可以稱為中國(guó)“移動(dòng)互聯(lián)網(wǎng)的最大入口”。它通過(guò)剛需和高頻的即時(shí)通訊、朋友圈、公眾號(hào)與多場(chǎng)景支付等功能，讓人們“睜眼低頭都離不開(kāi)微信”。我們不妨構(gòu)想一下，當(dāng)小程序的生態(tài)形成后，人們?cè)谑謾C(jī)上安裝的程序?qū)?huì)越來(lái)越少，超級(jí)壟斷的信息形態(tài)將會(huì)誕生。微信會(huì)成為超級(jí)綜合體，流量的格局也可能呈現(xiàn)“微信——有一定用戶基礎(chǔ)的APP——小眾APP”的倒三角模式。微信可能成為名副其實(shí)的“超級(jí)應(yīng)用”。小程序是一個(gè)整合了許多APP資源的輕應(yīng)用，由于商業(yè)競(jìng)爭(zhēng)的關(guān)系，BAT中百度與阿里不會(huì)選擇接入小程序；從使用頻次和重要程度看，直播、游戲與視頻，包括騰訊旗下的QQ也不會(huì)選擇接入。此外，對(duì)數(shù)據(jù)安全度要求較高的程序也不會(huì)選擇小程序。因此，它的目標(biāo)會(huì)偏向功能重要、中低頻次的應(yīng)用程序。目前，在微信中運(yùn)營(yíng)的程序只能為用戶提供基礎(chǔ)功能，這就限制了具有豐富功能的APP的接入；即使實(shí)現(xiàn)了接入，也可能因?yàn)檎加眠^(guò)多的手機(jī)內(nèi)存而導(dǎo)致微信程序的崩潰重啟。 

（五）打開(kāi)程序繁瑣小程序功能單薄，主打輕應(yīng)用但實(shí)則打開(kāi)程序繁瑣。畢竟微信小程序主打輕量，且嵌套在APP下的APP肯定沒(méi)有條件做得功能豐富。小程序可以借助微信聯(lián)合登錄，和開(kāi)發(fā)者已有的APP后臺(tái)的用戶數(shù)據(jù)打通，但不會(huì)支持小程序和APP直接跳轉(zhuǎn)，功能也只是原生APP核心功能的截取，對(duì)于一些功能簡(jiǎn)單的應(yīng)用可能替代性會(huì)強(qiáng)一些，但對(duì)于功能復(fù)雜、有一定社區(qū)文化的APP替代作用并不大。拿“滴滴出行”來(lái)說(shuō)，小程序只能支持打“快車”，而對(duì)于需要報(bào)銷車費(fèi)的上班族，可能他們需要的是打表計(jì)費(fèi)開(kāi)發(fā)票的出租車，小程序無(wú)法滿足用戶的合理需求。另外，小程序的特點(diǎn)之一是快速抵達(dá)用戶，除了安卓端一些小程序可前沿話題AdvancedTopic172017.2NEWSTRIBUNENO.以添加至桌面外，小程序的打開(kāi)要通過(guò)3次點(diǎn)擊及頁(yè)面跳轉(zhuǎn)，這也有違快捷方便的初衷。 

（六）開(kāi)發(fā)者：熱情不高微信小程序問(wèn)世之后，“APP將死”的言論甚囂塵上，然而小程序問(wèn)世沒(méi)多久，部分首先試水的開(kāi)發(fā)者決定退出，究其原因，或許是因?yàn)樵谛〕绦蛏虡I(yè)模式尚未明朗的當(dāng)下，小程序讓用戶和微信受益，卻不能讓開(kāi)發(fā)者受益。小程序上馬之后，必然有部分APP用戶卸載APP，改用微信小程序。而小程序入口太深，微信目前沒(méi)有提供更好的搜索平臺(tái)，需要開(kāi)發(fā)者自己去推銷程序端口，這無(wú)異于讓開(kāi)發(fā)者主動(dòng)將自己的流量分散到微信平臺(tái)上。這或許就是羅振宇所述的“小程序真相”，小程序能夠帶來(lái)多大的營(yíng)收還不確定，微信平臺(tái)將與企業(yè)如何開(kāi)展合作、是否會(huì)收取中介費(fèi)用等尚未可知，不確定意味著增大了商業(yè)風(fēng)險(xiǎn)，同時(shí)還將手頭的用戶資源分享給微信。在這種情況下，開(kāi)發(fā)方可能會(huì)選擇停止轉(zhuǎn)移用戶，防止最終落得賠了用戶又賠錢的悲劇。另外，小程序秉承的“用過(guò)即走”理念并不符合開(kāi)發(fā)方提升用戶黏性的期待，雖然這滿足了用戶的需求，卻可能損害開(kāi)發(fā)者的利益。實(shí)際上，微信平臺(tái)在“小程序”項(xiàng)目中的盈利前景也不太明朗。

微信已經(jīng)具有相當(dāng)大規(guī)模的用戶，再增加用戶，如果沒(méi)有可靠的變現(xiàn)模式只會(huì)徒增維護(hù)成本。小程序未來(lái)如何實(shí)現(xiàn)商業(yè)化也是亟待解決的難點(diǎn)之一。微信小程序推出之時(shí)，張小龍表示要讓用戶“用完即走”，現(xiàn)實(shí)卻是，用戶走了就不再回來(lái)了。但是僅僅因?yàn)橛脩裟壳安⒉毁I賬就為小程序蓋棺定論似乎為時(shí)過(guò)早，現(xiàn)在已成為8億微信用戶日常生活一部分的微信公眾號(hào)，當(dāng)年也不是一下子就火了起來(lái)。微信支付剛推出時(shí)用戶對(duì)綁定銀行卡亦熱情不高，直到紅包橫空出世，助力微信支付改變了線上支付的格局。